La jornada transcurrió sin incidentes importantes, aunque sí se registraron algunas escaramuzas aisladas entre votantes de bandos opuestos, y se espera una participación mayor del 80%.

El candidato opositor, Ma Ying-jeou, del Partido Kuomintang (KMT), partidario de mejores lazos con China, partía como favorito, ante el candidato independentista, Frank Hsieh, del Partido Demócrata Progresista.

El referéndum sobre el ingreso de la isla en la ONU bajo el nombre de Taiwán ha desencadenado oposición no sólo en China, que considera la isla parte de su territorio, sino también en Estados Unidos y otras potencias extranjeras temerosas de un alza en las tensiones en el estrecho de Formosa. Sin embargo, la escasa participación ha hecho fracasar esta consulta popular.

El opositor Partido Kuomintang boicoteó este referéndum del PDP, por su inoportunidad, aunque no rechaza el derecho de la isla a ingresar en la ONU y su carácter de estado soberano e independiente, pero bajo su nombre oficial de República de China, que no excluye una futura unión con Pekín en democracia y libertad.

Es muy improbable que el referéndum del PDP, considerado por China como una provocación, alcance la participación requerida para la validez de su resultado de 8.658.869 electores, el 50% de los votantes.

En los comicios presidenciales del 2000, una división entre dos facciones del KMT, la oficial de Lien Chan y la radical de James Soong, dio en bandeja la victoria electoral a Chen Shui-bian, con tan sólo el 39% de los votos.

En 2004, después de sufrir un misterioso atentado en vísperas de las elecciones, Chen revalidó su victoria ante Lien Chan, esa vez con James Soong como candidato a la vicepresidencia, con una ventaja de menos de 30.000 votos entre los 12,9 millones contabilizados y fuertes protestas opositoras.